Sejarah berdirinya RS Fatima dimulai dari usaha 3 orang biarawati Ordo Santo Agustinus (OSA) misionaris dari Belanda untuk membuka karya pelayanan kesehatan pada tahun 1949.

Mereka memulai karya tersebut dengan motto “Servire Invincem In Caritte” yang berarti saling melayani dalam kasih. Karya kesehatan tersebut lebih diutamakan bagi masyarakat yang tidak mampu.

Pada tahun 1962, berdasarkan Surat Izin Direktur Jendral Pelayanan Medis No.59.E-8/1962 secara resmi beroperasi Klinik Bersalin Fatima dengan penanggung jawab Sr. Norbertha Van De Meer ,OSA.

Selanjutnya pada tahun 1966 ijin Klinik Bersalin tersebut ditingkatkan menjadi Rumah Sakit Bersalin dengan Surat Izin Direktur Jendral Pelayanan Medis No. 24305/RS/1966.

Seiring dengan semakin meluasnya kebutuhan pelayanan kesehatan di Kabupaten Ketapang, maka pada tahun 1998 Dirjen Yanmed melalui Surat izin No.YM 02.04.3.6900 meningkatkan status RSB Fatima menjadi RSIA Fatima.

Kebutuhan pelayanan kesehatan masyarakat Ketapang ternyata tidak hanya semata pada kesehatan ibu dan anak, banyak pasien yang terpaksa dirawat karena penyakit-penyakit diluar bidang tersebut. Pengelola rumah sakit menyadari hal tersebut, sehingga mereka mengajukan kenaikan status RSIA menjadi RSU.

Pada tanggal 10 November 2006 Direktur Jendral Pelayanan Medik Departemen Kesehatan RI mengeluarkan Surat Izin Penyelenggaraan RS Fatima No. YM.02.04.3.5.5580 sebagai rumah sakit umum. Nama RB Fatima sangat melegenda sebagai perintis layanan kesehatan bagi para ibu dan anak di Kabupaten Ketapang Kalimantan Barat sampai saat ini, sehingga walaupun sudah berubah status menjadi RSU banyak masyarakat yang menyebutnya sebagai RB Fatima.

Pada tanggal 12 Agustus 2014, RS Fatima ditetapkan sebagai Rumah Sakit Umum Kelas C oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia (Keputusan Menteri Kesehatan RI No. HK.02.03/I/2011/2014) dan mendapatkan ijin operasional tetap untuk 5 tahun pada tanggal 31 Oktober 2014 dari Pemerintah Daerah Kabupaten Ketapang (Keputusan Bupati Ketapang No. 567/DINKES/2014).